Mattheus Merian est né le 22 septembre 1593 à Bâle, fils de Walther Merian. Après ses études au lycée, il apprit le dessin, la gravure sur cuivre et la gravure à l’eau-forte à Zurich auprès du graveur sur cuivre Friedrich Meyer. De 1610 à 1615, il étudia et travailla à Strasbourg (chez Dietrich Brentel), Nancy et à Paris (chez Jacques Callot). En 1615, il réalisa à Bâle son grand plan de la ville de Bâle.
Après des séjours à Augsbourg et Stuttgart (Allemagne) ainsi qu’aux Pays Bas, Merian s’installa à Francfort-sur-le-Main et à Oppenheim (Allemagne), où il travailla pour l’éditeur et le graveur sur cuivre Johann Theodor de Bry. De Bry possédait un atelier de gravure à Oppenheim et une maison d’édition à Francfort qui préparait alors de grands ouvrages de voyages en Extrême-Orient. En 1617, il épousa la fille de son employeur, Maria Magdalena de Bry, s’installa en 1616 à Bâle, où il acquit le droit de corporation qui lui permit de devenir indépendant.